不是抛弃，是为了女主体内的抗体故意把女主留在地下室，怕她被ATC内部带走。
Alma因为不堪折磨和产后的虚弱而离开人间，男主魏德为了怕她的的抗体外泄，把Alma保存在地下室里。后来看管严密的ATC，却发生了外泄事件，Alma的意志传达到她的儿子Paxton Fettel，也透过他展开她的复仇计划。最后，主角得知自己就是当年Alma产下的另外一个男婴，而且整个计划都是由ATC主导，其目的是想培育出超级士兵，
而这次的任务是他们最后一个测试, 主角在得知后，决定破坏ATC内部的核能反应堆引发核爆来摧毁ATC，而在主角离开内部的时候，刚好发生核爆，幸运的是主角只受到爆炸波的影响，F.E.A.R的直升机随后赶到，不过在上直升机没多久，主角突然看到自己母亲的身影。
扩展资料：
剧情简介——
故事起源于25年前，科学家海伦‧魏德发现自己的8岁的养女艾玛‧魏德有一种名为Telepathy的抗体，这抗体可以瞬间治愈被感染的人类。他的女儿成为了拯救世界的希望，阿玛庚科技股份有限公司(Armacham Technology Corporation，简称ATC)
得知后决定投资10亿美元与博士研究开发新武器，这个计划名称名为起源计划，而对象就是他自己的女儿，他把他女儿关在一个VAULT的巨大容器，并永无止境的对他进行各种实验长达7年，ATC为了能复制她的抗体，准备对她进行进一步的研究。
后来病毒爆发，而ATC董事会的雇佣兵正在准备炸毁医院，以毁尸灭迹。在逃往地面的过程中，主角遭到Alma的袭击，而一个自称Snake Fist的人，对他提供帮助，并告诉他因为手术，主角的精神力量大大增加，变得更加醒目，造成Alma要吸收主角。
逃到地面后，只剩下四人的队伍，前往Snake Fist藏身的Wade小学。在小学中，主角发现这里是ATC “Paragon“计划的实验场所。同时主角还得知所谓的”Harbinger“计划就是制造类似一代中Paxton Fettel的精神力量指挥官，以控制克隆士兵。
而主角和另一幸存队友Keegan是最有希望成功的。在地下实验室，主角找到了实际上是ATC研究人员的Snake Fist。被克隆杀手杀死之前Snake Fist告诉主角，要战胜Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加强器，加强主角的精神力量，战胜Alma。
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