一篇论文并不仅仅是收集已经得到的研究结果，它也有助于形成进一步的研究工作的框架。如果明确了论文的目的，这对于计划开展你的研究工作有很大益处。好的文章提要也是研究工作的好计划，在研究的过程中，应该反复修改这些计划或提要。研究工作开始时，应有完善的计划；工作结束时，应充分的总结。最有效率的做法是及时的理解， 分析， 总结， 形成假说； 而不是等到完成时才开始收集和整理数据。
为什么要写提纲？我在这里要强调提纲在论文写作，准备报告以及研究计划中的重要作用。我尤其相信按照提纲进行写作对我们大家都是最有效的方法。提纲是一篇论文的行文计划，应该包括论文所依靠的数据。事实上，提纲不仅仅是列出各段的内容， 而是按照目的， 假说， 结论来精心组织数据。提纲本身应该文字简练。如果大家都同意提纲中的细节部分，那么正文组织起来就更容易。在我们就提纲达成一致以前，写正文是没有意义的。 写文章时，大部份时间花在写正文上；而大部份思考是用在整理和分析数据。在动笔前，详细讨论几遍写作提纲会提高写作效率；写很多遍正文反倒很慢。
我写的所有文章，包括论文，报告， 建议（当然还有讨论会的胶片）都从提纲开始。我也希望你们能学会使用它。你应该如何起草你的提要？最经典的方法就是找一页空白的纸，以任何顺序，写下与这篇文章有关的所有重要观点。自问一些显而易见的问题：为什么我要做这项工作？它意味着什么? 我要验证哪些假设? 我究竟验证了哪些假设？ 结果如何？ 这项工作产生了新方法或新物质吗？都是什么？我都做了那些测试？什么化合物？ 它们是如何表征的？展示相关的方程，图表和示意图。试着写出主要的观点。如果你的研究开始是为证实一个假设，然而当你发现你有的数据仿佛真的可以更好地验证其它的假设时，你也不必担心。把它们两者都写出来，去选择假设，目的和数据的最佳组合。时常，当一篇文章完成时，它的目的和开始时是不同的。许多好的科学来自机遇和反复修正。
当你已经写下你能写的，再拿出一页纸，试着草拟一份提纲。将你的观点分成三大类（见 A,B,C）
A）引言
为什么我要做这件工作，主要的目的和假设是什么？
B）结果和讨论
结果是什么？化合物是怎样合成与表征的？测试方法是什么？
C）结论
所有这一切意味着什么？证实或否定了什么假设？我学到了什么？结果为什么与众不同？
接下来， 把每一部分再仔细组织。尤其是要集中整理数据。要尽可能把数据以清晰、紧凑的图表来展示。这个过程也许会慢些。我可能要用 5~10 次，而且是以不同的方式，来构思一张图，以便决定怎样它才最清楚（而且看上去更加美观）。
最后，把所有这些 - 内容的提纲、表格、草图、方程式，排好顺序。
当你已经囊括了所有的数据（或者你明确知道你还需要收集哪些额外的数据），有了一个合理的构架，你对这些都感到满意时，将大纲交给我。简要地标明哪些地方还缺数据，你认为（或推测）这些数据大概是什么样。如果你的推测是正确的，你将如何去解释它。拿到你的大纲后，我将把我的观点，建议反馈给你。一般，我们需要四或五个来回才能达成一致（中间经常还需要补做一些实验）。在我们的意见一致后，所有的数据通常以最终（或接近最终的）形式确定下来（也就是说，在提纲中的表格，图表等最终将成为文章中的表格，图表）。
然后，你就可以开始动笔写，注意你写的这些大多将用于正文。
合理使用我们的时间的关键是，我们应尽可能早地交换提纲和建议。在任何情况下，都不要等到你已经收集“全”了数据之后才开始动笔写提纲。研究是永无止境的。当你看到你的结果初具雏形时，就要立即开始准备构思文章和提纲，这将节省你很多的精力和时间。即便在认真组织成文前，我们已经决定补做重要的其他实验，试着写一个提纲也一定对研究有指导意义。
摘要：不要着急写摘要，可以等文章写完后再写。引言：文章的第 1 或 2 段应该完全用来写引言。要特别注意写好开头一句话。最好是简洁地陈述工作的目的，并指明该工作为什么重要。总结结论。读者期望什么样的结论呢？在提纲的前几个版本中，你应该包括实验部分中涉及到的所有内容。（在这一点上，就像是段落的副标题）。
结果和讨论。通常，结论和讨论是合在一起的。这一部分应根据主题来进行组织。分段应有黑体字的副标题，目的是使文章更有条理，能帮助读者清楚地通览全文，并找到他们感兴趣的内容。原来自己写第一篇科研论文感觉艰难重重，到现在写起来得心应手、驾轻就熟，我总结出如下经验。
1. 要写好科研论文，必须先养成阅读英文文章的习惯，争取每天 30～60 分钟。刚开始可以选择以读英文报纸、英文新闻为主，逐渐转为读专业杂志。我会在近期专门写一篇文章介绍一套行之有效的增强读专业杂志能力的办法。
2. 写科研论文，最重要的是逻辑。逻辑的形成来自于对实验数据的总体分析。必须先讨论出一套清晰的思路，然后按照思路来做图表（Figures），最后才能执笔。
3. 具体写作时，先按照思路（即 Figures）写一个以 subheading（小标题）为主的框架，然后开始具体写作。第一稿，切忌追求每一句话的完美，更不要追求词语的华丽，而主要留心逻辑（logic flow），注意前后句的逻辑关系、相邻两段的逻辑关系。写作时，全力以赴，尽可能不受外界事情干扰（关闭手机、座机），争取在最短时间内拿出第一稿。还要注意：一句话不可太长。
4. 学会照葫芦画瓢。没有人天生会写优秀的科研论文，都是从别人那里学来的。学习别人的文章要注意专业领域的不同，有些领域（包括我所在的结构生物学）有它内在的写作规律。科研文章里的一些话是定式，比如“To investigate the mechanism of……，we performed……”（为了探索……的机制，我们做了……），“These results support the former，but not the latter，hypothesis……”这些结果支持了前面的观点，而31103181科研论文写作发表扣不是后面的，假设……，“Despite recent progress，how……remains to be elucidated……”（尽管最近的进展，如何阐明……）等等。用两次以后，就逐渐学会灵活运用了。在向别人学习时，切忌抄袭。在美国一些机构，连续 7 个英文单词在一起和别人的完全一样，原则上就被认为抄袭（plagiarism）。
5. 第一稿写完后，给自己不要超过一天的休息时间，开始修改第二稿。修改时，还是以逻辑为主，但对每一句话都要推敲一下，对 abstract 和正文中的关键语句要字斟句酌。学会用“Thesaurus”（同义词替换）以避免过多重复。第二稿的修改极为关键，再往后就不会大改了。
6. 第二稿以后的修改，主要注重具体的字句，不会改变整体逻辑了。投稿前，一定要整体读一遍，对个别词句略作改动。记住：学术期刊一般不会因为具体的语法错误而拒绝一篇文章，但一定会因为逻辑混乱而拒绝一篇文章。这套方法行之有效，我对所有的学生和博士后都会如此教导。
