有一些分辨毒蘑菇的办法，但没有绝对可靠的单一方法。
从外观上看，毒蘑菇一般颜色鲜艳，比如有大红、翠绿、墨黑、青紫等色彩，像毒蝇伞，色彩艳丽，很容易辨认。而无毒蘑菇多为咖啡、淡紫或灰红色。毒蘑菇菌盖多凸起，形状怪异，菌柄上可能有菌环、菌托，像有名的致命鹅膏就有明显的菌托。
生长环境也有一定参考价值。毒蘑菇往往生长在阴暗、潮湿的肮脏地带；无毒蘑菇大多长在清洁的草地或松树、栎树上。
不过，这些方法并非绝对。有些毒蘑菇外观与无毒蘑菇相似，比如一些剧毒蘑菇颜色并不鲜艳。而且，不同地区的蘑菇种类不同，特征也有差异。所以，对于不确定的蘑菇，最安全的做法是不要自行采摘食用，应请教专业的植物分类学家或菌类专家，避免因误食毒蘑菇而导致中毒事件发生。
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