在三个仓的鱼池过滤系统中，恰当放置滤材能有效提升过滤效果。
第一仓通常放置物理过滤滤材，如过滤棉。先铺一层粗过滤棉，用于拦截鱼便、残饵等大颗粒杂质，防止其进入后续过滤仓影响水质。粗过滤棉上方可再铺一层细过滤棉，进一步过滤较小颗粒，让水体初步净化。
第二仓放置生化过滤滤材，像陶瓷环、细菌屋等。这些滤材具有较大的表面积，能为硝化细菌等有益菌提供附着场所。硝化细菌可分解水中的氨氮、亚盐等有害物质，起到净化水质的关键作用。将陶瓷环、细菌屋等有序摆放，保证水流能充分流经，发挥最佳的生化过滤效果。
第三仓可继续放置生化滤材，如火山石、麦饭石等，进一步增强生化过滤能力。同时，也可放置一些活性炭，它能吸附水中的异味、色素等，提升水体的清澈度和纯净度。
要注意定期检查和清洗或更换滤材。过滤棉容易堵塞，需定期清洗；活性炭使用一段时间后吸附能力会下降，要适时更换；生化滤材也可能因长期使用积累杂质，必要时进行适当清洗和维护，以确保鱼池过滤系统始终保持良好的运行状态。
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