子午工程二期的建设地点覆盖多个地方。在我国北方地区，有新的观测台站布局，以进一步完善对中高纬地区空间环境的监测网络。
在南方，也有相应的建设点，重点加强对低纬地区电离层等空间环境要素的精细化观测。其建设选址综合考虑了地理位置、地磁环境、气候条件等多方面因素。
例如，在一些地磁活动较为频繁的区域设置观测站点，有助于获取更丰富准确的数据。同时，也会选择电磁环境相对干净、受干扰较小的地方，保证观测设备能够稳定可靠运行，从而全面提升我国对空间环境的监测和研究能力，为空间天气预报、通信导航安全等提供有力支撑 。
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