土豆发芽后会产生龙葵素，这是一种有毒物质。如果土豆发芽情况不严重，可将芽眼及芽眼周围部分挖去，因为龙葵素主要集中在芽眼附近，切除后剩下的部分仍可食用，但要充分煮熟，高温能在一定程度上分解龙葵素，降低毒性。
要是土豆发芽较多、表皮变绿面积大，这种情况下龙葵素含量大幅增加，整个土豆都不宜食用，即便切除芽眼也不安全，食用后可能导致食物中毒，出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，严重的还会威胁生命健康。为避免土豆发芽，可将其放在干燥、阴凉、通风的地方储存，也可与苹果放在一起，苹果释放的乙烯气体能抑制土豆发芽 。
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