克隆技术为物种保护尤其是珍稀和濒危物种提供了重要工具，展现出巨大的应用潜力。从生物学视角来看，这是克隆技术价值显著的体现之一。随着环境污染的加剧，植物种质资源正遭受严重威胁，众多有用基因正面临灭绝，尤其是那些珍贵物种。全球范围内的植物种质保存因此受到广泛关注。科学家和正积极研究利用细胞和组织培养技术在低温条件下保存种质，以保护和利用这些有用基因。例如，胡萝卜和烟草等植物的细胞悬浮物能在极低温度下保存数月，并能够重新生长，繁殖新的植株。若采用此法对南方橡胶资源进行保护，将有助于生产和科研持续获取原料。
动物克隆技术有助于保存和繁育具有优良特性的动物品种，并能为濒危动物提供救助。比如，即使某一濒危动物仅剩下一只，甚至已经灭绝，只要还有组织或细胞样本，克隆技术就能够实现该物种的复兴或重生。中国拥有丰富的野生动物和家养动物资源，尽管国家投入了大量资金进行保护，但效果并不理想。如果能够完善动物体细胞克隆技术，便可以通过体细胞移植再现整个物种。
然而，在濒危动物保护方面，我们仍然面临诸多挑战。首先，野生濒危动物数量稀少，可供克隆的实验样本更是罕见。以白鳍豚为例，全球数量已不足百头，而武汉白鳍豚馆中人工饲养的“淇淇”是目前唯一可用于克隆实验的雄性个体。与之相比，克隆羊“多莉”有5个“母亲”，科学家们通过277个胚胎的尝试才最终成功克隆出“多莉”。其次，目前我们对许多濒危野生动物的生长和习性了解不足。已成功克隆的家畜如羊、兔、猪等，人们对其习性有深入的了解，因此克隆这些动物相对容易。而野生动物由于其复杂的生活习性，克隆它们则困难得多。再者，即便技术和资金不是问题，克隆动物基因与母本完全相同，这虽然增加了动物数量，但也意味着基因多样性的减少，可能会导致物种退化。详情
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