冷冻和冷藏保存即食海参各有优势，需依不同需求选择。
冷冻保存更适合长期存放即食海参。在冷冻环境下（一般为 -18℃及以下），海参的新陈代谢和微生物活动基本停止，能最大程度延长其保质期，通常可保存数月甚至一年以上，且能较好地保持海参的营养成分和原有品质，防止变质。不过，冷冻后的海参解冻时相对耗时，口感可能因冰晶破坏细胞结构而略有变化，变得稍软。
冷藏保存适合短时间储存即食海参。将即食海参放在冰箱冷藏层（一般为 0 - 8℃），能抑制微生物生长繁殖，在数天内保证海参新鲜度，食用时无需长时间解冻，可较快食用，口感相对更接近新鲜状态。但冷藏环境下微生物仍有一定活性，保存时间有限，通常建议 3 - 5 天内吃完。
若想长期保存，冷冻是更好选择；若打算短期内食用，冷藏即可。
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