巴氏消毒法有诸多益处，这里介绍两点。
一是能较好地保留食品营养成分。巴氏消毒法采用相对较低的温度进行消毒，一般在60 - 85℃左右，不像高温灭菌那样会对食品中的营养物质造成严重破坏。以牛奶为例，采用巴氏消毒法处理后，牛奶中的蛋白质、钙、磷、维生素A、维生素D等营养成分基本得以保留，人们饮用时能获取到这些重要营养。
二是有效杀灭有害微生物。该方法可以杀死食品中的大多数致病微生物，像牛奶、果汁等液体食物中常见的结核杆菌、伤寒杆菌、痢疾杆菌等病原菌，经过巴氏消毒后数量大幅减少，从而降低了人们因食用这些食品而感染疾病的风险，保障了食品安全，延长了食品的货架期，让消费者能更放心地食用相关产品 。
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