在鱼缸铺有底砂的情况下，清理粪便有多种方法。
可以使用换水结合虹吸法。准备一根合适长度的虹吸管，将一端放入鱼缸底部靠近粪便处，另一端放低，利用虹吸原理将粪便和部分脏水吸出。操作时要尽量避免扰动底砂，以免扬起杂质。每次换水不宜过多，控制在鱼缸总水量的四分之一到三分之一左右 。
还可以借助清洁工具，比如带有长柄的清洁刷，能深入底砂缝隙，轻轻将粪便刷出，再配合虹吸管吸出。也有专门针对底砂清洁的底砂清洁器，能在不破坏底砂的前提下，将粪便和杂质吸走。
饲养具有清洁功能的鱼类或生物也是一种办法。像清道夫鱼，能吸食水中的藻类和部分粪便；小精灵鱼也会清理鱼缸壁和底砂上的杂物；还有一些观赏螺，能起到一定清洁作用。但要注意它们与主养鱼类的兼容性，避免相互攻击或影响水质。
定期对底砂进行局部清理也很重要。每隔一段时间，用小铲子或勺子小心挖出部分底砂，放在清水中冲洗干净后再放回鱼缸，以减少底砂中积累的粪便和杂质。
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