南通站与南通西站在多方面存在不同。
位置上，南通站位于南通崇川区，处于城市相对中心区域；南通西站在通州区平潮镇，位置更偏西部。
规模方面，南通西站站房面积更大，站场规模也更具优势，能容纳更多列车停靠和旅客候车。
线路上，南通站主要承担既有铁路线的客运任务，如宁启铁路；南通西站接入了盐通高铁等高铁线路，是重要的高铁枢纽，可快速通达更多城市。
功能上，南通西站因承担更多高铁车次，对于加强南通与全国高铁网络的联系、方便长途旅客出行作用更大；南通站则在服务本地及周边短途旅客、兼顾既有线路客运方面发挥重要作用。
运营车次数量和方向也有差异，南通西站高铁车次多，可直达北上广深等大城市；南通站车次相对少些，主要服务于宁启铁路沿线城市。
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