保险公司应当赔偿非医保用药部分。
从合同层面上来看，保险公司赔偿伤者损失的合同依据是机动车交通事故责任强制保险，而机动车交通事故责任强制保险的条款又是全国统一的条款，其中并没有约定保险公司有权在赔偿医疗费用时扣除非医保用药费用。为此，保险公司在赔偿医疗费用时扣除非医保用药费用是没有合同根据的。
从法律层面上来看，《机动车交通事故责任强制保险条例》等法规中也没有规定保险公司有权在赔偿医疗费用时扣除非医保用药，保险公司在赔偿医疗费用时扣除非医保用药也是没有法律根据的。
根据《保险法》第十九条：采用保险人提供的格式条款订立的保险合同中的下列条款无效：免除保险人依法应承担的义务或者加重投保人、被保险人责任的；保险公司对于医疗费只按照国家基本医疗保险标准赔偿其实是在免除自己的责任，所以如果投保人在投保时，保险公司对于该条款没有作出足以引起投保人注意的提示或者明确说明的，那么该条款是无效的。
从司法层面上来看，对于机动车交通事故责任纠纷案件中保险公司主张扣除非医保用药费用主张和意见一般也是不予支持的。
综上，保险公司应当对非医保用药进行赔偿。
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