医保和新农合是两个不同的医疗保险制度。医保主要针对城市居民及企业职工（居民医保和职工医保），职工医保的比率一般要比居民医保要高。新农合主要是针对农村人口实行的医疗制度。新农合一般上缴的费用比职工医保要低很多。
城镇居民医疗保险与新农合的区别：
一、是覆盖的人群不同。城镇居民医保主要覆盖城镇户籍的居民，新农合主要覆盖农村户籍居民。农村新型合作医疗是国家针对农民实施的一项医疗保障制度，它的基本设计是每位参保农民个人每年交费220元，国家财政每人每年配套补助增长，今年应该会在500元以上，各省市将出台文件予以说明。构成医疗保险基金，主要用于农民生病住院的费用补助，报销比例为60-75%，最多可报金额参照当地出台文件。
农村新型合作医疗以户为单位自愿参保，不能强迫参保，在一户中不能某些人参保而其他人不参保。城镇职工个人基本医疗保险是针对城镇职工(包括农民工)实施的一项基本保险制度。它的缴费由个人和单位两部分构成，缴费标准为单位和个人各缴纳月工资的2%，共4%。保险费中一部分根据职工年龄及缴费年限等条件按一定比例划入职工个人医疗帐户，发给职工个人医保卡。
二、是管理的部门不同。城镇居民医保主要由门管理，新农合多数地方由卫生部门管理。
三、是保障待遇的侧重点不同。城镇居民医保主要保住院和门诊大病兼顾普通门诊，所以住院及门诊大病待遇都要高于新农合。新农合的门诊待遇水平要高于城镇居民医保。
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