1、外观不同。花椒：花椒在生时为青色，在成熟之后为暗红色，颜色很重，其中的籽为黑色。麻椒：麻椒在生时也是青色，但是在成熟之后是棕色偏黄，颜色较浅，籽也是黑色。
2、用途不同。花椒：花椒常用来做调味品，同时也是很多中药方和民间偏方的主要药材之一。麻椒：麻椒做调味品倒是很少，仅仅在川菜中使用，最主还是用来提炼麻油。
3、口味不同。花椒：花椒香味重、麻味较轻，常用来和肉类一起烹饪，能清除肉类的腥味和哈味，增加香气。麻椒：麻椒的香味较轻，而麻味极重，常用来做川菜的调味品，在火锅中比较常见。
4、营养成分差别。花椒和麻椒在营养成分上有很大的相似之处，除了至麻味的柠檬烯成分麻椒含量高出花椒很多，其他都差不多，因此，在很多时候可用麻椒代替花椒使用，但是麻椒的毒性比花椒也大一些，食用量也应该更小。
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