1、修改配置文件文件
修改/etc/my.cnf这个文件，在[mysqld]中新增max_connections=N，如果你没有这个文件请从编译源码中的support-files文件夹中复制你所需要的*.cnf文件为到/etc/my.cnf。我使用的是my-medium.cnf,中型服务器配置。例如我的[mysqld]的内容如下
代码如下:
[mysqld]
port = 3306
socket = /tmp/mysql.sock
skip-locking
key_buffer = 160M
max_allowed_packet = 1M
table_cache =
sort_buffer_size = 512K
net_buffer_length = 8K
read_buffer_size = 256K
read_rnd_buffer_size = 512K
myisam_sort_buffer_size = 8M
max_connections=1000
由于对mysql还不是很熟悉，所以很多参数没有修改。哈哈。
2、非使用mysqld脚本自动启动的用户。
修改$MYSQL_HOME/bin/mysqld_safe文件
例如：/usr/local/mysql/bin/mysqld_safe这个文件
grep -n 'max_connection' $MYSQL_HOME/bin/mysqld_safe
修改对应行号的max_connections参数值
以上方法为参考网上的做法写的。
方法二：
在PHP手册里面找关于mysql_connect和mysql_pconnect的资料，下面是在php手册中对这两个函数的描述：
mysql_connect 函数原型：
resource mysql_connect ( [string server [, string username [, string password [, bool new_link [, int client_flags]]]]])
返回：
如果成功则返回一个MySQL 连接标识，失败则返回FALSE。
描述：
mysql_connect() 建立一个到MySQL 服务器的连接。当没有提供可选参数时使用以下默认值：server = 'localhost:3306'，username =
服务器进程所有者的用户名，password = 空密码。
如果用同样的参数第二次调用mysql_connect()，将不会建立新连接，而将返回已经打开的连接标识。参数new_link 改变此行为并使
mysql_connect() 总是打开新的连接，甚至当mysql_connect() 曾在前面被用同样的参数调用过。参数client_flags 可以是以下常量的组合
：MYSQL_CLIENT_COMPRESS，MYSQL_CLIENT_IGNORE_SPACE 或者MYSQL_CLIENT_INTERACTIVE。
注: new_link 参数自PHP 4.2.0 起可用。
client_flags 参数自PHP 4.3.0 起可用。
一旦脚本结束，到服务器的连接就会被关闭。除非之前已经调用了mysql_close() 来关闭它。
mysql_pconnect ：
函数原型：
resource mysql_pconnect ( [string server [, string username [, string password [, int client_flags]]]])
返回：
如果成功则返回一个正的MySQL 持久连接标识符，出错则返回FALSE。
描述：
mysql_pconnect() 建立一个到MySQL 服务器的连接。如果没有提供可选参数，则使用如下默认值：server = 'localhost:3306'，
username = 服务器进程所有者的用户名，password = 空密码。client_flags 参数可以是以下常量的组合：MYSQL_CLIENT_COMPRESS，
MYSQL_CLIENT_IGNORE_SPACE 或者MYSQL_CLIENT_INTERACTIVE。
server 参数也可以包括端口号，例如"hostname:port"，或者是本机套接字的的路径，例如":/path/to/socket"。
注: 对":port" 的支持是3.0B4 版添加的。
对":/path/to/socket" 的支持是3.0.10 版添加的。 两者之间的区别 ：
mysql_pconnect() 和mysql_connect() 非常相似，但有两个主要区别。
首先，当连接的时候本函数将先尝试寻找一个在同一个主机上用同样的用户名和密码已经打开的（持久）连接，如果找到，则返回此连接标识而不打开新连接。
其次，当脚本执行完毕后到SQL 服务器的连接不会被关闭，此连接将保持打开以备以后使用（mysql_close() 不会关闭由mysql_pconnect() 建立的连接）。
可选参数client_flags 自PHP 4.3.0 版起可用。此种连接称为"持久的"。
小结一下，要保证你的系统不会出现Too many connections 错误，需要注意两点:
1.保证你的apache的最大进程数不超过mysql的最大连接数；
2.不要在程序里面用过多mysql_pconnect连接到同一个数据库服务器(一个就够了).这需要好的编码习惯和规范.特别是不断的给系统增加
新的功能,如果不注重系统架构和编码规范,当系统的复杂度到了一定的程度,整个系统就变得无法维护了.出现问题的时候解决起来就很麻烦了.
解决方法是修改/etc/mysql/my.cnf,添加以下一行:
set-variable = max_connections=500
或在启动命令中加上参数max_connections=500
就是修改最大连接数,然后重启mysql.默认的连接数是100,太少了,所以容易出现如题错误
以上摘自 宋利兴的专栏 以下为补充：
1.可能是mysql的max connections设置的问题
2.可能是多次insert,update操作没有关闭session,需要在spring里配置transaction支持。
解决:
1.修改tomcat里的session 的time-out时间减少为20,(不是必改项)
2.对处理量大的对数据库insert或update的操作提供transaction支持.
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下面的是解决办法：
com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.MySQLNonTransientConnectionException: Data source rejected establishment of connection, message from server: "Too many connections"
原因：
因为你的mysql安装目录下的my.ini中设定的并发连接数太少或者系统繁忙导致连接数被占满
解决方式：
打开MYSQL安装目录打开MY.INI找到max_connections（在大约第93行）默认是100 一般设置到500～1000比较合适，重启mysql,这样1040错误就解决啦。
max_connections=1000
一定要重新启动MYSQL才能生效
CMD->
net stop mysql
net start mysql
关于改变innodb_log_file_size后无法启动mysql的问题
innodb_buffer_pool_size=768M
innodb_log_file_size=256M
innodb_log_buffer_size=8M
innodb_additional_mem_pool_size=4M
innodb_flush_log_at_trx_commit=0
innodb_thread_concurrency=20
以上是对innodb引擎的初步优化, 发现是更新innodb_log_file_size=256M时候出现了问题，只要加上这个就无法启动,
后来才知道原来要STOP服务先，然后再删除原来的文件………
打开/MySQL Server 5.5/data
删除ib_logfile0, ib_logfile1........ib_logfilen
再开启选项，成功启动。
