看日志发现说由于mysql程序升级了，需要运行mysql_upgrade升级一下mysql里面的数据库，这个比较简单，和mysql命令用法是一样的，运行一遍就ok了。然后发现还是无法关闭innodb，很奇怪，查了下发现原来mysql5.5默认使用innodb了，所以无法简单的关闭掉，还要设置一下默认使用的引擎为myisam才可以，在my.cnf里加上如下两句：
代码如下:
default-storage-engine=MYISAM
innodb=OFF
重启mysql，然后删掉那三个讨厌的文件即可。
MySQL 5.6 禁用INNODB
INNODB是MySQL被ORACLE收购后开发的，支持事务和行级锁等高级功能，但是并不是所有人都需要INNODB的，对大部分人来说，以前的MYISAM引擎就够了，一般会选择将默认引擎改为MYISAM，但是INNODB还是会耗费内存和硬盘，这时候，就需要把INNODB彻底禁用。
在以前的MySQL中，一般可以这么设置就行了：
代码如下:
default-storage-engine=MYISAM
skip-innodb
但是在最新的MySQL5.6里，这么设置是没法启动的，需要再增加一句设置：
代码如下:
default-tmp-storage-engine=MYISAM
不仅如此，还需要添加以下配置，否则程序会很容易退出的：
代码如下:
loose-innodb-trx=0
loose-innodb-locks=0
loose-innodb-lock-waits=0
loose-innodb-cmp=0
loose-innodb-cmp-per-index=0
loose-innodb-cmp-per-index-reset=0
loose-innodb-cmp-reset=0
loose-innodb-cmpmem=0
loose-innodb-cmpmem-reset=0
loose-innodb-buffer-page=0
loose-innodb-buffer-page-lru=0
loose-innodb-buffer-pool-stats=0
loose-innodb-metrics=0
loose-innodb-ft-default-stopword=0
loose-innodb-ft-inserted=0
loose-innodb-ft-deleted=0
loose-innodb-ft-being-deleted=0
loose-innodb-ft-config=0
loose-innodb-ft-index-cache=0
loose-innodb-ft-index-table=0
loose-innodb-sys-tables=0
loose-innodb-sys-tablestats=0
loose-innodb-sys-indexes=0
loose-innodb-sys-columns=0
loose-innodb-sys-fields=0
loose-innodb-sys-foreign=0
loose-innodb-sys-foreign-cols=0
摘自http://docs.oracle.com/cd/E17952_01/refman-5.6-en/innodb-turning-off.html
另外MYSQL 5.6 比 5.5占用了更多的物理内存，虚拟内存跟5.5使用差不多（5.5也是一个虚拟内存消耗大户）。性能上比5.5提升了30%左右（根据官方文档，没作具体测试）。
