InnoDB 是基于聚簇索引建立的。InnoDB的索引结构和mysql的其他存储引擎有很大的不同，聚簇索引对主键查询有很高的性能。不过它的二级索引（second index，非主键索引）中必须包含主键列，所以如果主键列很大的话，其他的所有索引都会很大。因此，若表上的索引较多的话，主键应该尽可能的小。INNODB 的存储格式是平立的，也就是说可以将数据和索引文件从intel平台复制到power pc或者sun sparc平台。
InnoDB 内部做了很多优化，包括从磁盘读取数据时采用的可预测性预读，能够自动在内存中创建hash索引以加速读操作的自适应哈希索引（adaptive hash index），以及能够加速插入操作的插入缓冲区（insert buffer）等。
InnoDB 的行为是非常复杂的，不容易理解。如果使用了InnoDB，笔者强烈建议阅读官方手册中的“InnoDB事务模型和锁” 一节。如果应用程序基于InnoDB构建，则事先了解一下InnoDB的MVCC架构带来的一些微妙和细节之处是非常有必要的。存储引擎要为所有用户甚至包括修改数据行为的用户维持一致性的视图，是非常复杂的工作。
作为事务型的存储引擎，InnoDB 通过一些机制和工具支持真正的热备份。Mysql的其他存储引擎不支持热备份，要获取一致性视图需要停止对所有表的写入，而在读写混合场景中，停止写入可能也意味着停止读取。
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