条件：
2台服务器：A和B，需要A服务器上的表迁移到B服务器。
Innodb表：sysUser，记录数：351781。
以下测试在MySQL 5.5.34中进行。
开始处理：
1：在B服务器上建立sysUser表，并且执行：

zjy@B : db_test 09:50:30>alter table sysUser discard tablespace;

2：把A服务器表的表空间（ibd）复制到B服务器的相应数据目录。
3：修改复制过来的ibd文件权限：

chown mysql:mysql sysUser.ibd

4：最后就开始加载：

zjy@B : db_test 10:00:03>alter table sysUser import tablespace;
ERROR 1030 (HY000): Got error -1 from storage engine

报错了，查看错误日志：

10:05:44 InnoDB: Error: tablespace id and flags in file './db_test/sysUser.ibd' are 2428 and 0, but in the InnoDB
InnoDB: data dictionary they are 2430 and 0.
InnoDB: Have you moved InnoDB .ibd files around without using the
InnoDB: commands DISCARD TABLESPACE and IMPORT TABLESPACE?
InnoDB: Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/innodb-troubleshooting-datadict.html
InnoDB: for how to resolve the issue.
10:05:44 InnoDB: cannot find or open in the database directory the .ibd file of
InnoDB: table `db_test`.`sysUser`
InnoDB: in ALTER TABLE ... IMPORT TABLESPACE

当遇到这个的情况：A服务器上的表空间ID 为2428，而B服务器上的表空间ID为2430。所以导致这个错误发生，解决办法是：让他们的表空间ID一致，即：B找出表空间ID为2428的表（CREATE TABLE innodb_monitor (a INT) ENGINE=INNODB;），修改成和sysUser表结构一样的的表，再import。要不就把A服务器的表空间ID增加到大于等于B的表空间ID。（需要新建删除表来增加ID）

要是A的表空间ID大于B的表空间ID，则会有：

11:01:45 InnoDB: Error: tablespace id and flags in file './db_test/sysUser.ibd' are 44132 and 0, but in the InnoDB
InnoDB: data dictionary they are 2436 and 0.
InnoDB: Have you moved InnoDB .ibd files around without using the
InnoDB: commands DISCARD TABLESPACE and IMPORT TABLESPACE?
InnoDB: Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/innodb-troubleshooting-datadict.html
InnoDB: for how to resolve the issue.
11:01:45 InnoDB: cannot find or open in the database directory the .ibd file of
InnoDB: table `db_test`.`sysUser`
InnoDB: in ALTER TABLE ... IMPORT TABLESPACE

这时的情况：A服务器上的表空间ID 为44132，而B服务器上的表空间ID为2436。（因为A是测试机子，经常做还原操作，所以表空间ID已经很大了，正常情况下。表空间ID不可能这么大。

既然表空间ID不对导致这个错误报出，那我们手动的让B的表空间ID追上A的表空间ID。

需要建立的表数量：44132-2436 = 41696个，才能追上。因为他本身就需要再建立一个目标表，所以需要建立的表数量为：41695。不过安全起见，最好也不要超过41695，以防B的表空间ID超过了A，则比如设置安全的值：41690，即使B没有到达A表空间ID的值，也应该差不多了，可以再手动的去增加。用一个脚本跑（需要建立的表比较多），少的话完全可以自己手动去处理：

#!/bin/env python
# -*- encoding: utf-8 -*-

import MySQLdb
import datetime

def create_table(conn):
query = '''
create table tmp_1 (id int) engine =innodb
'''
cursor = conn.cursor()
cursor.execute(query)
conn.commit()
def drop_table(conn):
query = '''
drop table tmp_1
'''
cursor = conn.cursor()
cursor.execute(query)
conn.commit()

if __name__ == '__main__':
conn = MySQLdb.connect(host='B',user='zjy',passwd='123',db='db_test',port=3306,charset='utf8')
for i in range(41690):
print i
create_table(conn)
drop_table(conn)

也可以开启多线程去处理，加快效率。
当执行完之后，再重新按照上面的1-3步骤进行一次，最后再装载：

zjy@B : db_test 01:39:23>alter table sysUser import tablespace;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

要是再提示A表空间ID大于B表的话，就再手动的按照脚本里面的方法来增加ID，这时候就只需要增加个位数就可以追上A的表空间ID了。
总结：
上面只是一个方法，虽然可以迁移Innodb，但是出问题之后可能会引其Innodb的页损坏，所以最安全的还是直接用mysqldump、xtrabackup等进行迁移。
5.6 可以不用考虑这些tablespace id，可以直接import 进来。

2013-11-12 15:25:09 2378 [Note] InnoDB: Sync to disk
2013-11-12 15:25:09 2378 [Note] InnoDB: Sync to disk - done!
2013-11-12 15:25:09 2378 [Note] InnoDB: Phase I - Update all pages
2013-11-12 15:25:09 2378 [Note] InnoDB: Sync to disk
2013-11-12 15:25:09 2378 [Note] InnoDB: Sync to disk - done!
2013-11-12 15:25:09 2378 [Note] InnoDB: Phase III - Flush changes to disk
2013-11-12 15:25:09 2378 [Note] InnoDB: Phase IV - Flush complete