遗传
临床上比较常见的遗传性小脑共济失调、橄榄脑桥小脑萎缩（也称为“脊髓小脑变性症”）、齿状核红核苍白球路易体萎缩症等有小脑萎缩现象的病症，都是具有遗传性的，遗传方式为常染色体显性遗传。
脑供血不足
当机体发生脑供血不足的情况时，就会引起脑部缺血缺氧，使脑实质发生广泛弥散性病变,脑的整合机能就会明显受损，甚至引起小脑萎缩。
肿瘤
肿瘤患者有可能会发生副肿瘤综合征，即使肿瘤没有发生转移，也能对身体的其他器官造成伤害，即便是神经系统也能被影响，能对脑、脊髓、周围神经等造成伤害，引起小脑萎缩。
感染引起
病毒、细菌、真菌等能够引起一种严重的中枢神经系统感染性疾病——脑炎，即脑实质炎性病变，当脑炎得到治疗后，仍然有可能留下脑炎后遗症，如：肢体运动障碍、智力障碍、失语、眼球麻痹、吞咽困难等，这是因为患者的小脑已经受损，发生了萎缩。
药物引起
一些药物在治疗疾病的同时，具有损害神经系统的副作用，长期服用这些药物，会引起小脑萎缩。而且大量服用此类药物，会造成急性药物中毒，引起中毒性小脑萎缩，如治疗癫痫的药物苯妥英钠。
酒精中毒
醉酒后可能都会有这样的体验：胡言乱语、走路摇晃、头晕想吐，这是因为酒精会对神经系统造成影响的缘故，当饮酒过量或者饮用了高浓度的工业酒精后，就会造成酒精中毒，酒精中毒会对神经系统造成非常大的伤害，严重者可引起小脑萎缩。
先天发育异常
母亲在怀孕期间体内缺乏叶酸，或者接触了有害的环境、因素，如：农药、有机溶剂、重金属等化学品，或过量暴露在各种射线下，或服用某些药物，或染上某些病菌，都可能造成胎儿发育异常，发生小脑萎缩现象。
外伤
脑部遭到意外伤害时，会对中枢神经系统造成影响，可能引起小脑萎缩。
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