消字号和国药准字号有着本质的差别：
消字号仅属于卫生消毒用品范畴，而国药准字号是真正具备疗效的药品。消字号仅有消毒功能不具备治疗效果，而国药准字号以治疗作用作为首要目标，具有针对性治疗功能。消字号产品的许可证发放与管理仅由省级以下卫生行政部门负责，审批时间一个月，检测指标主要为杀部门负责，审批时间一个月，检测指标主要为杀菌作用，审批费用仅数千元；而准字号则专门由国家食品药品监督管理局审批，并且要经过药理、病理、毒副作用测试和临床验证等一系列环节，在确保安全有效的情况下才可能批准，整个过程通常需要5至10年，费用也高达数百万甚至数千万元。二者在工艺方面的生产条件不同。
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