首先，大宗交易是通过交易所的大宗交易平台进行的，手续便捷。而协议转让，交易所须对双方资格、交易文件和交易内容进行个案审查，程序严格，速度迟缓。
其次，涉及出让方是大股东时，二者区别尤为关键，协议转让份额不得低于5%，受让方受让后仍须受到大股东减持规定，后续无法快速出手。而大宗交易只要控制在5%下，后手出让，便捷多多。
事实上，二者皆为大股东减持主要手段，只是大宗交易较为多用。实践中，二者可结合使用。
