造成儿童便秘的常见病因主要有以下几种：
偏食、挑食等不良饮食习惯。有些儿童爱吃肉类食品、油炸食品以及加工精细的大米、白面，不爱吃粗粮，不爱吃蔬菜、水果。有的孩子甚至鸡鸭鱼肉吃起来没够，青菜却一点不动。这种饮食习惯能导致儿童膳食纤维摄取不足。膳食纤维在蔬菜、水果、粗粮和小麦、玉米、大豆等种子外皮中含量较多，在精米白面中含量很少。鱼类、肉类食品中没有膳食纤维。
膳食纤维的一个重要生理功能是增加肠道内容物体积，刺激肠蠕动，促进粪便排出。
偏食、挑食造成膳食纤维缺乏，不能在肠道中形成足够的食物残渣，不能有效地刺激肠道蠕动促进粪便排出或促使神经系统产生排便反射，造成粪便在肠道中停留时间过长，水分被过度吸收而变成又干又硬的粪团或粪块，形成便秘。
食品数量不合适。鸡鸭鱼肉或咸的、不好消化的食品吃得过多，把胃肠道塞得满满当当，肠道无法正常运动，不能将粪便推向直肠排出体外可造成便秘。吃的东西过少，没有足够的食物残渣刺激肠蠕动，使粪便在肠道中变干变硬，也能造成便秘。
不良排便习惯。如果儿童没有养成每天定时排便的良好习惯就不能建立良好的排便反射条件，即使粪便已经被运送到直肠，大脑排便中枢不能通过神经系统传递排便信号，调动身体各有关部分将粪便及时排出，因而会造成便秘。有的孩子过于贪玩儿或精神完全集中在某件事上，“屎到屁股门儿”也不赶快去大便，大便被迫又返回结肠，在结肠停留期间被吸收部分水分后变得干硬，造成便秘。
精神因素。儿童由一个十分熟悉、完全适应的环境突然转移到一个特别陌生、非常不适应的环境，会出现便秘现象。例如原来由父母在家照看的孩子刚开始上托儿所时就可能会便秘。儿童受到惩罚、惊吓或精神高度紧张之后也会发生便秘。
肠套叠、肠扭转、肠道蛔虫等因素造成肠道阻塞，腹部肿物挤压肠道使肠道变窄，都会形成便秘。
发烧、肥胖、营养不良等病症以及甲状腺功能亢进、甲状腺功能减低、糖尿病等疾病会造成儿童便秘。
脱肛、肛裂以及巨结肠、直肠狭窄、肛门狭窄等肛肠疾患可导致便秘。
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