气候变化引起的海洋温度上升及极端天气事件仍是大堡礁中的珊瑚面临的最大威胁。大堡礁还面临农业污染、海洋开发、过度捕捞等主要威胁。大堡礁中的珊瑚健康状况不佳，在这里生活的鱼类、海龟和海鸟也因栖息地丧失和退化而受到影响。