公积金里有钱却扣银行卡里面的资金很大的原因是由于个人公积金账户里面的余额不足，不足以全额归还本月的月供，因此系统就会自动选择从银行卡进行扣款。用户公积金账户中的资金没有转入还款账户，导致无法扣款。