三色柯基刚出生时的毛色很淡，鼻头、脚垫等部位都是粉红色，直到3-4周后，毛色就会逐渐加深，毛发也生长的更加浓密，最终在2-3个月颜色暂时稳定，但到了3-4个月后，就会进入尴尬期，胎毛开始变淡脱落，如果是黑头柯基，那么黑色部分不会改变，但白色鼻线会变窄，如果是黄头柯基，黑毛就会逐渐变黄，但也有部分柯基留下少量黑毛。
一般来说三色柯基的毛色主要是由黄色、黑色和白色组成，黑头柯基就是以黑色为主色，边缘带有轻微黄色，而黄头柯基则改变大一些，黑色变黄，但也会泛出淡淡的黑色。柯基一般是在7个月龄时，毛色才会逐渐的稳定下来，停止变化。总的来说，三色柯基的毛色变化，就是经历了变浅，变深，变色的一个历程，在这期间需要多补充富含卵磷脂的食物。