边牧的眼睛大多是棕色和蓝色，但需要注意的是，只有陨石色边牧出现蓝眼才不算失格，因此边牧主要分为棕色双瞳、蓝色双瞳、以及蓝棕色的鸳鸯眼。陨石色边牧之所以会出现蓝眼，主要是因为它遗传了一种稀释基因，能够减淡某一部位的色素，因此陨石色边牧不仅会出现斑块状的浅色毛发，还经常出现蓝眼、粉鼻等，这都是正常情况。
总的来说，大多数边牧的眼睛都是棕色，是看起来接近黑色的深褐色，而陨石色边牧虽然有蓝眼，但它也存在一定的基因缺陷，导致它的后代可能比较容易出现夜盲、失明等疾病，因此一定不要让两只陨石色的边牧配种，最好是寻找其他颜色，才能保证后代的身体健康。但边牧的蓝眼也要与小时候狗狗普遍存在的蓝膜相区分，因此最好是等到狗狗六个月大后，蓝膜消退在进行判断。