| 类（section） | 科（family） | 属(genus) | 种（species） |
| G（-）需氧杆菌 （非发酵菌） | 假单胞菌科 | 假单胞菌属 | 铜绿假单胞菌 |
| 洋葱假单胞菌 | |||
| 微小假单胞菌 | |||
| 黄单胞菌属 | 嗜麦芽黄单胞菌 | ||
| 军团菌科 | 军团菌属 | 嗜肺军团菌 | |
归属未定 | 产碱菌属 | 粪产碱杆菌 | |
| 布鲁菌属 | 羊、流产、猪布鲁杆菌 | ||
| 鲍特菌属 | 百日咳杆菌 | ||
| 黄杆菌属 | 脑膜败血型黄杆菌 | ||
| 不动杆菌属 | 鲍曼不动杆菌 | ||
| 莫拉菌属 | 腔隙莫拉菌 | ||
| 布拉汉菌亚属 | 卡他莫拉菌 | ||
| G（-）需氧球菌 | 奈瑟球菌科 | 奈瑟球菌属 | 脑膜炎球菌，淋球菌 |
| G（-）兼性厌氧菌 | 肠杆菌科 | 埃希菌属 | 大肠杆菌 |
| 枸橼酸杆菌属 | 弗劳地枸橼酸杆菌 | ||
沙门菌属 | 伤寒杆菌，副 | ||
| 猪霍乱杆菌 | |||
| 肠炎杆菌 | |||
| 志贺菌属 | 痢疾、福氏、鲍氏、宋内志贺菌 | ||
| 克雷伯菌属 | 肺炎杆菌，产酸，催产~ | ||
| 肠杆菌属 | 阴沟、产气肠杆菌 | ||
| 沙雷菌属 | 粘质沙雷菌 | ||
| 变形菌属 | 奇异、普通变形杆菌 | ||
| 摩根菌属 | 摩根杆菌 | ||
| 耶尔森菌属 | 鼠疫杆菌 | ||
| 弧菌科 | 弧菌属 | 霍乱弧菌 | |
| 巴斯德菌科 | 嗜血菌属 | 流感杆菌，副~ | |
| 巴斯德菌属 | 多杀杆菌 |
| G+球菌、需氧或兼性厌氧性球菌 | 细球菌科 | 细球菌属 | 四联球菌 |
| 葡萄球菌属 | 金葡菌，表皮~，腐生~ | ||
链球菌科 | 链球菌属 | β型溶血（化脓性链球菌） | |
| 非β型溶血（B组链球菌，肺炎链球菌，草绿色链球菌） | |||
| 肠球菌属 | 粪肠球菌，屎肠球菌 | ||
| 双球菌属 | |||
| G+厌氧球菌 | 消化球菌科 | 消化球菌属 | 消化球菌 |
| G-厌氧球菌 | 小费氏球菌 | ||
| 形成芽孢的杆菌或球菌 | 芽孢杆菌科 | 芽孢杆菌属 | 炭疽杆菌 |
| 梭形芽孢杆菌属 | 破伤风杆菌，产气荚膜杆菌，肉毒杆菌，难辨梭菌，败毒梭菌 | ||
| G+无芽孢杆菌 | 放线菌科 | 放线菌属 | 伊氏，牛型~ |
| G-厌氧杆菌 | 类杆菌科 | 类杆菌属 | 脆弱类杆菌 |
其他 | 棒状杆菌科 | ||
| 分支杆菌科 | 分支杆菌属 | 结核杆菌，麻风杆菌 | |
| 奴卡菌科 | 奴卡菌属 | 星形，巴西~ | |
| 螺旋体 | |||
| 立克次体 | |||
| 支原体 | |||
| 衣原体 | |||
