●DNA半保留复制(简称复制)(semiconservative replication):DNA复制时,亲代DNA双螺旋结构解开,分别以解开的两股单链为模板,以dNTP为原料,按照碱基互补的原则,合成与模板链互补的新链,从而形成两个子代DNA双链,其结构与亲代DNA双链完全一致。因子代DNA双链中的一股单链源自亲代,另一股单链为合成的新链,形成的双链与亲代双链的碱基序列完全一致,故称为半保留复制。
●复制叉:原核生物DNA的复制从单一起点开始,双螺旋结构被打开,分开的两股单链分别作为新DNA合成的模板,DNA合成从起点开始向两个方向进行,与单一起点相连的局部结构形状呈“Y”型,称复制叉结构。
●复制子:基因组中能进行复制的DNA单位称为复制子或复制单位。它含有控制复制起始或终止的特定位点,从复制起始点到终止点的区域为一个复制子。
●半不连续复制:复制过程中,催化DNA 合成的DNA聚合酶只能催化核苷酸从5’→3’方向合成,以3’→ 5’链为模板时,新生的DNA以5’→3’方向连续合成;而以5’→3’为模板只能合成若干反向互补的岡崎片段,这些片段再相连成完整的新链,故称半不连续复制。(前导链、滞后链)
●冈崎片段:DNA双链是反向平行的,复制时,亲代双链DNA在复制叉处打开,由于新链的合成具有方向性,即从5’→3’,以5’→3’DNA链为模板合成反向互补的新链时,只能合成小片段DNA,这些片段根据发现者命名为岡崎片断。
●转录:是指以DNA为模板,合成RNA的信息传递过程。除了某些RNA病毒的基因组之外,所有的RNA都是转录产物。
●反义链:在基因的DNA双链中,转录时作为mRNA合成模板的那条单链叫做模板链或反义链。
●上游顺式作用元件:在真核基因中存在着很多的位于转录起始点上游的顺式序列,这些DNA序列称之为上游顺式作用元件。是指与结构基因表达相关、能够被蛋白特异性识别和结合的DNA序列,包括启动子、上游启动子元件等,它们是通过与反式作用因子的相互作用来调节基因转录活性。
●启动子:是基因DNA中一段特定的核苷酸序列,是与启动机因表达相关的顺式作用元件,式RNA聚合酶在转录起始时对模板DNA的识别位点和结合位点,是基因转录的开始部位,也即是转录是否能起始的决定位点。
●终止子:促进转录终止的DNA序列,在RNA水平上通过转录出的终止子序列形成茎-环结构而起作用。又可分为依赖于ρ因子的终止子和不依赖于ρ因子的终止子两类。
●转录后加工:在转录中新合成的RNA往往是较大的前体分子,需要经过进一步的加工修饰,才转变为具有生物学活性的、成熟的RNA分子,这一过程称为转录后加工。
●多顺反子:在原核细胞中,通常是几种不同的mRNA连在一起,相互之问由一段短的不编码蛋白质的间隔序列所隔开,这种mRNA叫做多顺反子mRNA。
●RNA编辑:某些mRNA的核苷酸序列,在生成转录产物后还需插入、删除或取代一些核苷酸残基,方能生成具有正确翻译功能的模板,遗传信息在mRNA水平上的改变过程,称为RNA编辑。
●PCR:即聚合酶链式反应,扩增样品中的DNA量和富集众多DNA分子中的一个特定的DNA序列的一种技术。在该反应中,使用与目的DNA序列互补的寡核苷酸作为引物,进行多轮DNA合成。其中包括DNA变性、引物退火和在TaqDNA聚合酶催化下的DNA合成。
●基因:能够表达和产生蛋白质和RNA的DNA序列,是决定遗传性状的功能单位。
●结构基因:指一类编码细胞结构和基本代谢活动所必要的RNA、蛋白质或酶。一般来说,它们不是因子。
●基因:是指那些编码那些控制其他基因表达的RNA或蛋白质的基因。基因的表达产物是因子。基因也是结构基因,只是它的编码蛋白质具有基因的功能,是在基因水平上而不是蛋白质水平上的控制。●基因组:细胞或生物体的一套完整单倍体的遗传物质的总和。
●翻译(translation):以mRNA为模板,氨酰-tRNA为原料直接供体,在多种蛋白质因子和酶的参与下,在核糖体上将mRNA分子上的核苷酸顺序表达为有特定氨基酸顺序的蛋白质的过程。
●端粒:以线性染色体形式存在的真核基因组DNA末端都有一种特殊的结构叫端粒。该结构是一段DNA序列和蛋白质形成的一种复合体,仅在真核细胞染色体末端存在。
●操纵子:是指数个功能上相关的结构基因串联在一起,构成信息区,连同其上游的区(包括启动子和操纵基因)以及下游的转录终止信号所构成的基因表达单位,所转录的RNA为多顺反子。
●顺式作用元件:是指那些与结构基因表达相关、能够被基因蛋白特异性识别和结合的特异DNA序列。包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和一些反应元件等。
●反式作用因子:是指真核细胞内含有的大量可以通过直接或间接结合顺式作用元件而调节基因转录活性的蛋白质因子。
●增强子:位于真核基因中远离转录起始点,能明显增强启动子转录效率的特殊DNA序列。它可位于被增强的转录基因的上游或下游,也可相距靶基因较远。
●基因表达:是指生物基因组中结构基因所携带的遗传信息经过转录、翻译等一系列过程,合成特定的蛋白质,进而发挥其特定的生物学功能和生物学效应的全过程。
●分子克隆:在体外对DNA分子按照即定目的和方案进行人工重组,将重组分子导入合适宿主,使其在宿主中扩增和繁殖,以获得该DNA分子的大量拷贝。
●DNA变性:在物理或化学因素的作用下,导致两条DNA链之间的氢键断裂,而核酸分子中的所有共价键则不受影响。
●DNA复性:当促使变性的因素解除后,两条DNA链又可以通过碱基互补配对结合形成DNA双螺旋结构
●突变(mutation):基因组DNA顺序上的任何一种改变都叫做突变。分点突变和结构畸变。
●点突变(Point mutation)是指一个或几个碱基对被置换(replacement),这种置换又分两种形式:转换(transition)一--指用一个嘌呤碱置换另一个嘌呤碱,一个嘧啶碱置换另一个嘧啶碱;颠换(transversion)一--指用嘌呤碱置换嘧啶碱或用嘧啶碱置换嘌呤碱。
●错义突变:DNA分子中碱基对的取代,使得mRNA的某一密码子发生变化,由它所编码的氨基酸就变成另一种的氨基酸,使得多肽链中的氨基酸顺序也相应的发生改变的突变。
●无义突变:由于碱基对的取代,使原来可以翻译某种氨基酸的密码子变成了终止密码子的突变。
●同义突变:碱基对的取代并不都是引起错义突变和翻译终止,有时虽然有碱基被取代,但在蛋白质水平上没有引起变化,氨基酸没有被取代,这是因为突变后的密码子和原来的密码子代表同一个氨基酸的突变。.
●同义密码子(synonym codon):为同—种氨基酸编码的各个密码子,称为同义密码了。
●移码突变:在编码序列中,单个碱基、数个碱基的缺失或插入以及片段的缺失或插入等均可以使突变位点之后的三联体密码阅读框发生改变,不能编码原来的蛋白质的突变。
●管家基因:在生物体生命的全过程都是必须的,且在一个生物个体的几乎所有细胞中持续表达的基因。
●SD序列:转录出的mRNA要进入核糖体上进行翻译,需要一段富含嘌呤的核苷酸序列与大肠杆菌16S rRNA3,末端富含嘧啶的序列互补,是核糖体的识别位点。
●CAP:是大肠杆菌分解代谢物基因活化蛋白,这种蛋白可将葡萄糖饥饿信号传递个许多操纵子,使细菌在缺乏葡萄糖时可以利用其他碳源。
●回文序列:DNA片段上的一段所具有的反向互补序列,常是性酶切位点。
●蓝-白斑筛选:含LacZ基因(编码β半乳糖苷酶)该酶能分解生色底物X-gal(5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷)产生蓝色,从而使菌株变蓝。当外源DNA插入后,LacZ基因不能表达,菌株呈白色,以此来筛选重组细菌。称之为蓝-白斑筛选。
●DNA聚合酶(DNA polymerase):指以脱氧核苷三磷酸为底物,按5’→ 3’方向合成DNA的一类酶,反应条件:4种脱氧核苷三磷酸、Mg+、模板、引物。DNA聚合酶是多功能酶,除具有聚合作用外,还具有其它功能,不同DNA聚合酶所具有的功能不同。
●拓扑异构酶(topoisomerase):是一类引起DNA拓扑异构反应的酶,分为两类:类型I的酶能使DNA的一条链发生断裂和再连接,反应无需供给能量,类型Ⅱ的酶能使DNA的两条链同时发生断裂和再连接,当它引入超螺旋时,需要由ATP供给能量。
●单链DNA结合蛋白(single-strand binding protein ,SSB):是一类特异性和单链区DNA结合的蛋白质。它的功能在于稳定DNA解开的单链,阻止复性和保护单链部分不被核酸酶降解。
●修复(repair):除去DNA上的损伤,恢复DNA的正常结构和功能是生物机体的一种保护功能。
●光裂合酶修复(又称光复活)(photoreactivation):可见光将光裂合酶激活,它分解DNA上由紫外线照射而形成的嘧啶二聚体,使它们恢复成两个单独的嘧啶碱。
●切除修复(excision repair):在一系列酶的作用下,将DNA分子中受损伤部分切除,以互补链为模板,合成出空缺的部分,使DNA恢复正常结构的过程。
●重组修复(recombination repair):DNA在有损伤的情况下也可以复制,复制时子代链跃过损伤部位并留下缺口,通过分子间重组,从完整的另一条母链上将相应的核苷酸序列片段移至子链缺口处,然后用再合成的多核苷酸的序列补上母链的空缺,此过程称重组修复。
●诱导修复和应急反应(induction repair and SOS response)(SOS修复):由于DNA受到损伤或复制系统受到抑制所诱导引起的一系列复杂的应急效应,称为应急反应。 SOS反应主要包括两个方面:DNA损伤修复(SOS修复或称诱导修复)和诱变效应。SOS修复是一种易出差错的修复过程,虽能修复DNA的损伤而避免死亡。但却带来高的变异率。
●DNA重组(recombination):DNA重组是指在真核生物减数过程中,细菌细胞的转化中、病毒转导中等发生的DNA片段的交换或插入。
●基因工程(又称基因重组技术)(gene/genetic engineering):是将外源基因经过剪切加工,再插入到一个具有自我复制能力的载体DNA中,将新组合的DNA转移到一个寄主细胞中,外源基因就可以随着寄主细胞的进行繁殖,寄主细胞也借此获得外源基因所携带的新特性。
●转录(transcription):由依赖于DNA的RNA聚合酶催化,以DNA的一条链的一定区段为模板,按照碱基配对原则,合成一条与DNA链互补的RNA链的过程。
●模板链(template strand)[又称负(-)链,反意义链(antisense strand)]:转录过程中用作模板的这条DNA链,称模板链。非模板链(nontemplate strand)[又称正(+)链,编码链(coding strand),有意义链(sense strand)]:与模板链互补的那条DNA链,称非模板链。
●不对称转录(asymmetric transcription):因为RNA的转录只在DNA的任一条链上进行,所以把RNA的合成叫做不对称转录。
●转录单位(transcription unit):RNA的转录只在DNA的一个片段上进行,这段DNA序列叫转录单位。
●内含子(intron):真核生物基因中,不为蛋白质编码的、在mRNA加工过程中消失的DNA序列,称内含子。
●外显子(exon):真核生物基因中,在mRNA上出现并代表蛋白质的DNA序列,叫外显子。
●转录加工(post-transcriptional processing):细菌中很多RNA分子和几乎全部真核生物的RNA在合成后都需要核内不均一RNA(hnRNA):是真核生物细胞核内的mRNA前体分子,分子量较大,并且不均一,含有许多内含子。
●RNA的复制(RNA replication):某些病毒RNA既可以做为模板合成病毒蛋白质又可在 RNA复制酶(RNA replicase)的催化下,以自身RNA为模板,合成互补的RNA新链,合成方向5'→3’,这一过程叫RNA复制。
.分子杂交:互补的核苷酸序列通过Walson-Crick碱基配对形成稳定的杂合双链分子DNA分子的过程称为杂交。杂交过程是高度特异性的,可以根据所使用的探针已知序列进行特异性的靶序列检测
●RNA编辑(RNA editing)— 是某些RNA,特别是mRMA的一种加工方式,它导致了DNA 所编码的遗传信息的改变,是因为经过编辑的mRNA序列发生了不同于模板DNA的变化。
●转座子 (transposon)— 是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。
●基因簇( gene cluster) — 真核生物中许多相关的基因常按功能成套组合,被称为基因家族,同一家族的成员有时紧密的排列在一起,成为基因簇。
●回文序列:其中每条单链以5/-3/方向都是相同的,易形成发夹结构或十字形结构,性酶切位点。
●上游启动子元件:包括CAAT盒(CCAAT)和GC盒(GGGCGG)等,包括增强子。
●弱化子:在操纵区与结构基因之间的一段可以终止转录的序列。
●DNA的转座
DNA的转座,或称移位(transposition),是由可移位因子(transposable element)介导的遗传物质重排现象。已经发现"转座"这一命名并不十分准确,因为在转座过程中,可移位因子的一个拷贝常常留在原来位置上,在新位点上出现的仅仅是拷贝。因此,转座有别于同源重组,它依赖于DNA的复制。
二、填空类(部分):
●原核生物中有三种起始因子分别是(IF-1)、( IF-2 )和(IF-3 )。
●蛋白质的跨膜需要( 信号肽 )的引导,蛋白伴侣的作用是(辅助肽链折叠成天然构象的蛋白质)。
●启动子中的元件通常可以分为两种:(核心启动子元件 )和(上游启动子元件 )。
●分子生物学的研究内容主要包含(结构分子生物学 )、(基因表达与 )、( DNA重组技术 )三部分。
证明DNA是遗传物质的两个关键性实验是(肺炎球菌感染小鼠 )、( T2噬菌体感染大肠杆菌 )这两个实验中主要的论点证据是:(生物体吸收的外源DNA改变了其遗传潜能)。
●DNA重组技术也称为(基因克隆)或(分子克隆 )。最终目的是(把一个生物体中的遗传信息DNA转入另一个生物体)。典型的DNA重组实验通常包含以下几个步骤:
①提取供体生物的目的基因(或称外源基因),酶接连接到另一DNA分子上(克隆载体),形成一个新的重组DNA分子。②将这个重组DNA分子转入受体细胞并在受体细胞中复制保存,这个过程称为转化。③对那些吸收了重组DNA的受体细胞进行筛选和鉴定。④对含有重组DNA的细胞进行大量培养,检测外援基因是否表达。
●PCR的反应体系要具有以下条件:
a、被分离的目的基因两条链各一端序列相互补的 DNA引物(约20个碱基左右)。
b、具有热稳定性的酶如:TagDNA聚合酶。 c、dNTP d、作为模板的目的DNA序列
●PCR的基本反应过程包括:(变性)、(退火)、(延伸 )三个阶段
●RNA聚合酶Ⅱ的基本转录因子有、TFⅡ-A、TFⅡ-B、TFII-D、TFⅡ-E他们的结合顺序是: ( D、A、B、E )。其中TFII-D的功能是(与TATA盒结合 )。
●与DNA结合的转录因子大多以二聚体形式起作用,转录因子与DNA结合的功能域常见有以下几种( 螺旋-转角-螺旋 )、( 锌指模体 )、(碱性-亮氨酸拉链模体 )。
●蛋白质的生物合成是以_ mRNA_为模板,以_氨酰-tRNA 为原料直接供体,以_ 核糖体_为合成杨所。
●生物界共有______个密码子,其中_61_个为氨基酸编码,起始密码子为_________;终止密码子为_______、__________、____________。
●原核生物中的释放因子有三种,其中RF-1识别终止密码子UAA、UAG;RF-2识别UAA_、UGA_;真核中的释放因子只有RF一种。
●氨酰-tRNA合成酶对_氨基酸和相应的_tRNA有高度的选择性。
●基因突变单个碱基的改变,同类碱基之间取代称为(转换);否则称(颠换)。
●基因的损伤,一切使DNA结构和功能发生改变的DNA,都可称为基因的损伤。突变也是DNA损伤的一种,此外还包括:(碱基损伤),(DNA链断裂)。
●原核生物mRNA与基因是(共线的),顺反子是(多顺反子);真核mRNA与基因(不是共线),顺反子是(单顺反子)。
●转录的不对称性是指在RNA的合成中,DNA的二条链中仅有一条链可作为转录的模板,称为转录的不对称性。与mRNA序列相同的那条DNA链称为(编码链);将另一条根据碱基互补原则指导mRNA合成的DNA链称为(模板链)。
●pBR322 的筛选方式是通过(抗生素抗性)筛选,pUC18/19的筛选方式是通过(蓝白斑)筛选。
●原核生物基因表达,阻遏蛋白与效应物结合时,基因不转录(负控阻遏);阻遏蛋白不与效应物结合时基因不转录(负控诱导);有效应物时,激活蛋白处于无活性状态基因不转录(正控阻遏);有效应物时,激活蛋白处于活性状态基因转录(正控诱导)。
●.基因突变一般可分为:(点突变),(碱基的插入突变),(碱基丢失突变)。
●真核生物起始tRNA是(甲硫氨酸Met-tRNAmet),原核生物起始tRNA是(甲酰甲硫氨酸fmet-tRNAfMet)。
●性内切酶的特点(识别位点严格专一),(识别序列的碱基数一般为4、6、8个bp),(识别位点经常是一种回文序列的DNA)。
●质粒DNA的三种构型分别是( SC构型)、( oc构型)、( L构型),各构型在凝胶电泳中从前到后的顺序是(SC L oc)。
●真核生物DNA聚合酶:
●原核生物DNA聚合酶:
●真核生物RNA聚合酶:
●原核生物RNA聚合酶:
●核糖体结构:核糖体包括至少5个活性中心,即mRNA结合部位、结合或接受AA- tRNA部位(A位)、结合或接受肽基tRNA的部位、肽基转移部位(P位)及形成肽键的部位(转肽酶中心),此外还有负责肽链延伸的各种延伸因子的结合位点。
●核小体结构(八聚体):核小体是由H2A、H2B、H3、H4各两个分子生成的八聚体和由大约200bpDNA组成的。
●乳糖操纵子的结构:E.coli的乳糖操纵子是乳糖分解代谢的3个基因,lacZ编码β半乳糖苷酶,lacY编码β半乳糖透性酶,lacA编码β半乳糖苷乙酰转移酶构成的一个典型的操纵子。
●色氨酸操纵子的结构:包括结构基因(E、D、C、B、A):分别编码合成色氨酸途径的酶或酶亚基。以及区域:阻遏基因(R)、启动子区(P)、操纵区(O)、前导肽编码区(L),弱化子区(a)。
●染色体中的核酸组成:⑴不重复序列⑵中度重复序列 ⑶高度重复序列——卫星DNA
●蛋白质合成的抑制剂
●DNA的损伤修复:1. 错配修复(mismatch Repair)2. 碱基切除修复(Base-Excision Repair)3. 核苷酸切除修复(nucleotide-excision repair)4.DNA的直接修复(Direct repair)
三、问答题的主要知识点总结:(部分)
●DNA是由脱氧核糖核苷酸组成的长链多聚物,是遗传物质。具有下列基本特性:
①具有稳定的结构,能进行复制,特定的结构能传递给子代;
②携带生命的遗传信息,以决定生命的产生、生长和发育;
③能产生遗传的变异,使进化永不枯竭。
●细菌(原核生物)基因组的一般特点:
①基因组通常仅由一条环状双链DNA分子组成。但现发现有越来越多的线形基因组。 ②只有一个复制起始点。③有操纵子的结构。数个相关(参与一个生化过程)的结构基因串联在一起,受同一区调节,合成多顺反子mRNA。④编码蛋白质的结构基因是单拷贝的,但rRNA基因往往是多拷贝的。 ⑤非编码的DNA所占比例少,类似病毒基因组。⑥基因组具有多种区,如复制起始区、复制终止区、转录启动子、转录终止区等特殊序列。⑦与真核生物类似,具有可移动的DNA序列。
●真核生物基因组特点:
①基因组的分子量大。低等真核生物大约107-108 bp,而高等真核生物为5×108-1010 bp
②真核生物细胞往往有很多染色体,一般呈线状。每个染色体DNA有很多复制起始点。
③细胞核DNA与蛋白质稳定地结合成染色质的复杂结构。染色质内除了含有DNA和组蛋白外,还有大量非组蛋白。④由于存在核膜,细胞被分隔成细胞核和细胞质,因此,在基因表达中,转录和翻译在时间和空间上是分隔的,不偶联的。⑤基因组的大量序列是非编码序列,有大量重复序列。
⑥真核生物的蛋白质基因往往是单拷贝存在,转录产物是单顺反子mRNA。⑦存在一些可移动的DNA序列。⑧绝大多数真核生物基因含有内含子,因而基因编码区是不连续的。⑨真核生物基因内部也可能含有大量的重复序列。
●5’端帽子结构具有如下3个功能。
①对mRNA的保护作用,保护mRNA免受RNase从5’端开始的攻击。
②5’端帽子结构使mRNA具有可翻译能力。
③5’端帽子有利于成熟的mRNA从细胞核输送到细胞质,只有成熟的mRNA才能进行输送。
(3‘端poly(A)尾巴的作用大致相同)
●.试比较原核和真核细胞的mRNA的异同.
● 答案要点:①真核生物5‘端有帽子结构大部分成熟没mRNA 还同时具有3’多聚A尾巴,原核一般没有;②原核的没mRNA 可以编码几个多肽真核只能编码一个。③原核生物以AUG作为起始密码有时以GUG,UUG作为起始密码,真核几乎永远以AUG作为起始密码。④原核生物mRNA半衰期短,真核长。⑤原核生物以多顺反子的形式存在,真核以单顺反子形式存在。
●试比较真核生物与原核生物mRNA转录的主要区别.
真核生物与原核生物mRNA转录的比较如下:
原核生物:操纵子 RNA聚合酶 核心酶加σ因子 不需加工与翻译相偶联 类核
真核生物:单基因 RNA聚合酶Ⅱ 聚合酶加转录因子 需加工故与翻译相分离 核内
● 原核生物和真核生物基因转录的异同?
①相同点:转录过程是相似的,都是以DNA的一条链为模板,4种NTP为底物,经过起始、延伸和终止三个阶段,以5′→3′方向合成RNA。
②不同点:
| 原核生物 | 真核生物 |
| 只有一种RNA聚合酶合成所有的RNA | 三种RNA聚合酶分别合成不同的RNA |
| 不同的启动子间有相当大的同源性 | 各种不同启动子间差异很大 |
| 聚合酶直接同启动子结合, 不需要另外的蛋白质成分 | 聚合酶通过同转录因子的相互作用进行转录 |
| 无增强子 | 有增强子序列对转录进行 |
| 启动子一般位于结构基因之前 | 聚合酶Ⅲ的启动子位于被转录的序列之中 |
答案要点: 转录的基本过程包括:模板的识别;转录起始;通过启动子;转录的延伸和终止。
●.简述原核和真核细胞在蛋白质翻译过程中的差异.
答案要点:1、起始因子不同;2、翻译过程(肽链延伸)因子不同;3、终止因子不同。
要求详述其差异。●遗传密码的特点:①三联密码;②无标点符号;③不重叠;④通用性和变异性,其中通用性是指各种生物共用一套遗传密码;⑤简并性;⑥起始密码子和终止密码子。
●摆动假设要点:①密码子和反密码子之间的碱基配对中,密码子的5´端前两位碱基必须严格地按照碱基配对原则同反密码子配对。②密码子的第3个核苷酸为A时,由于受到立体化学因素的影响,将产生与G,U和C配对的一组特异构象。
●三位点模型:现在认为核糖体结合tRNA有三个位点,即P位点,A位点和E位点。在早期,普遍认为核糖体只有两个结合tRNA的位点,即P位点和A位点,后来发现还有E位点。因而提出三位点模型。
●DNA复制的特征?①绝大多数DNA和RNA的生物合成,均按照碱基配对原则,以预先存在的DNA链为模板,逐个复制,生成新的拷贝。②DNA或RNA链的生物合成只能以5´→3´方向进行。③特异的聚合酶类催化核酸的生物合成。④在核酸生物合成中,聚合酶的底物核苷酸要求总是5´核糖核苷酸,即5´-NTP或5´-dNTP。⑤RNA聚合酶进行聚合反应时,能够直接以NTP为底物,逐个聚合,即从头合成RNA。
●试述DNA复制过程,总结DNA复制的基本规律。(重点)以E.coli为例,DNA复制过程分三个阶段;①起始:从DNA上控制复制起始的序列即起始点开始复制,形成复制叉,复制方向多为双向,也可以是单向,若以双向进行复制,两个方向的复制速度不一定相同。由于DNA聚合酶不能从无到有合成新链,所以DNA复制需要有含3’-OH的引物,引物由含有引物酶的引发体合成一段含3一10个核苷酸的RNA片段;②延长:DNA复制时,分别以两条亲代DNA链为模板,当复制叉沿DNA移动时,以亲代3’→5’链为模板时,子链的合成方向是5'→3',可连续进行,以亲代5’→3’链为模板时,子链不能以3’→5’方向合成,而是先合成出许多5’→3’方向的冈崎片段,然后连接起来形成一条子链;③终止:当一个冈崎片段的3'-OH与前一个冈崎片段的5’-磷酸接近时,复制停止,由DNA聚合酶I切除引物,填补空隙,连接酶连接相邻的DNA片段。DNA复制时,由DNA解旋酶(又称解链酶)通过水解ATP获得能量来解开DNA双链,并沿复制叉方向移动,所产生的单链很快被单链结合蛋白所覆盖,防止DNA的变性并保护其单链不被降解,复制叉前进过程中,双螺旋产生的应力在拓扑异构酶的作用下得到调整。DNA复制基本规律:①复制过程为半保留方式;②原核生物单点起始,真核生物多点起始,复制方向多为双向,也有单向;③复制方式呈多样性,(直线型、Q型、滚动环型…等);④新链合成需要引物,引物RNA长度—般为几个~10个核苷酸,新链合成方向5’→ 3’,与模板链反向,碱基互补;⑤复制为半不连续的,以解决复制过程中,两条不同极性的链同时延伸问题,即…—条链可按5’→ 3’方向连续合成称为前导链,另一条链先按5’→ 3’方向合成许多不连续的冈崎片段(原核生物一般长1000-2000个核苷酸,真核生物一般长100--200个核苷酸),再通过连接酶连接成完整链,称后随链,且前导链与后随链合成速度不完全—致,前者快,后者慢;⑥复制终止时,需切除前导链、冈崎片段的全部引物,填补空缺,连接成完整DNA链;⑦修复和校正DNA复制过程出现的损伤和错误,以确保DNA复制的精确性。
●真核与原核生物的复制相同点与差异之处?
①相同点:◆复制起始点都含有若干短的重复序列的独特DNA片段;◆这些短的重复序列北多种结合蛋白所识别,这些蛋白质在ori位点上的复合物对复制机构的装配起着关键的作用。◆复制起始点是富含A-T的DNA序列。有利于双螺旋DNA的解链。②差异:◆真核生物的DNA比原核DNA分子大得多且不裸露,与组蛋白结合成核小体,以染色质结构形式存在;◆真核的每条染色体有多个复制起始位点,而原核只有一个起始位点;◆真核染色体在全部复制完成之前各个起始点上不能开始新一轮的复制,受到一种复制的。而原核DNA的起始点可以连续地开始新的复制事件,表现为一个复制子上有多个复制叉存在。
●DNA损伤修复的种类? DNA的修复方式可分为直接修复和取代修复两大类。
直接修复包括光复活、转甲基作用和直接连接作用,均属于无差错修复。
取代修复包括切除修复、重组修复和SOS修复,后两者属于有差错倾向修复。
●原核DNA聚合酶的一般特性?
原核细胞有三种DNA聚合酶,都与DNA链的延长有关。
DNA聚合酶Ⅰ是单链多肽,可催化单链或双链DNA的延长;
DNA聚合酶Ⅱ则与低分子脱氧核苷酸链的延长有关;
DNA聚合酶Ⅲ在细胞中存在的数目不多,是促进DNA链延长的主要酶。
●PCR技术原理的是什么?
PCR技术是利用两种寡核苷酸引物,分别与双链DNA片段的两端互补,形成DNA聚合酶反应中的模板和引物的关系,这是PCR技术的核心。PCR聚合酶反应体系的一些重要条件包括:模板、一对寡核苷酸引物、4种底物dNTP和Tap DNA聚合酶。反应分为3步:双链模板DNA变性、退火和链的延伸。
●基因工程中工具酶的种类?
①性内切酶,②DNA连接酶,③DNA聚合酶,④逆转录酶,⑤RNA聚合酶。
(生物体内DNA复制涉及的酶?DNA解旋酶,拓扑异构酶,DNA连接酶,DNA聚合酶、RNA聚合酶)
●DNA聚合酶的特点?①需要提供合成模板;②不能起始新的DNA链,必须要有引物提供3'-OH;③合成的方向都是5'→3';④除聚合DNA外还有其它功能;⑤以脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)为前体催化合成DNA。
●原核和真核生物翻译的起始?两者起始反应的比较?
①起始阶段一样:◆只在核糖体小亚基上结合荷载的起始tRNA;◆在mRNA上必须找到合适的起始密码子;◆在已经形成有小亚基,mRNA和起始tRNA的起始复合物之后,大亚基参与形成完整的起始复合物。②差异:◆原核细胞中,mRAN首先与小亚基结合,再有起始tRNA加入形成起始复合物。而真核细胞中,起始tRNA首先结合于小亚基,形成四元复合物,然后在多种因子参与下结合mRNA,才形成起始复合物。◆小亚基起始复合物在mRNA上寻找起始密码子的方式不同。
●.翻译延伸和终止的过程?
①延伸反应:◆进位反映是延伸的开始步骤;◆转位和肽键的合成;◆移位反应。
②终止的过程:◆终止密码子;◆终止密码的校正;◆释放因子。
●真核生物基因转录的一般规律?①典型的真核基因转录单元为单顺反子,原核为多顺反子。②真核生物的RNA聚合酶高度分工③转录的正常进行,除了需要RNA聚合酶以外,还需要许多蛋白质因子的参与④真核基因DNA的顺式作用元件要比原核基因复杂得多⑤真核基因的转录以正为主。
●参与蛋白质生物合成体系的组分有哪些?它们具有什么功能?
1.①mRNA:蛋白质合成的模板;②tRNA:蛋白质合成的氨基酸运载工具;③核糖体:蛋白质合成的场所;④辅助因子:(a)起始因子—--参与蛋白质合成起始复合物形成;(b)延长因子—--肽链的延伸作用;(c)释放因子一--终止肽链合成并从核糖体上释放出来。
●遗传密码有什么特点? (1)密码无标点:从起始密码始到终止密码止,需连续阅读,不可中断。增加或删除某个核苷酸会发生移码突变。 (2)密码不重叠:组成一个密码的三个核苷酸只代表一个氨基酸,只使用一次,不重叠使用。 (3)密码的简并性:在密码子表中,除Met、Trp各对应一个密码外,其余氨基酸均有两个以上的密码,对保持生物遗传的稳定性具有重要意义。 (4)变偶假说:密码的专一性主要由头两位碱基决定,第三位碱基重要性不大,因此在与反密码子的相互作用中具有一定的灵活性。
(5)通用性及例外:地球上的一切生物都使用同一套遗传密码,但近年来已发现某些个别例外现象,如某些哺乳动物线粒体中的UGA不是终止密码而是色氨酸密码子。 (6)起始密码子AUG,同时也代表Met,终止密码子UAA、UAG、UGA使用频率不同。
●简述三种RNA在蛋白质生物合成中的作用。
(1)mRNA:DNA的遗传信息通过转录作用传递给mRNA,mRNA作为蛋白质合成模板,传递遗传信息,指导蛋白质合成。 (2)tRNA:蛋白质合成中氨基酸运载工具,tRNA的反密码子与mRNA上的密码子相互作用,使分子中的遗传信息转换成蛋白质的氨基酸顺序是遗传信息的转换器。 (3)rRNA 核糖体的组分,在形成核糖体的结构和功能上起重要作用,它与核糖体中蛋白质以及其它辅助因子一起提供了翻译过程所需的全部酶活性。
●简述核糖体的活性中心的二位点模型及三位点模型的内容。
(1)二位点模型 A位:氨酰-tRNA进入并结合的部位;P位:起始氨酰-tRNA或正在延伸的肽基-tRNA结合部位,也是无载的tRNA从核糖体上离开的部位。
(2)三位点模型 大肠杆菌上的70S核糖体上除A位和P位外,还存在第三个结合tRNA的位点,称为E位,它特异地结合无负载的tRNA及无负载的tRNA最后从核糖体上离开的位点。
●简述蛋白质生物合成过程。
蛋白质合成可分四个步骤,以大肠杆菌为例:
(1)氨基酸的活化:游离的氨基酸必须经过活化以获得能量才能参与蛋白质合成,由氨酰-tRNA合成酶催化,消耗1分子ATP,形成氨酰-tRNA。 (2)肽链合成的起始:由起始因子参与,mRNA与30S小亚基、50S大亚基及起始甲酰甲硫氨酰-tRNA(fMet-tRNAt)形成70S起始复合物,整个过程需GTP水解提供能量。 (3)肽链的延长:起始复合物形成后肽链即开始延长。首先氨酰-tRNA结合到核糖体的A位,然后,由肽酰转移酶催化与P位的起始氨基酸或肽酰基形成肽键,tRNAf或空载tRNA仍留在P位.最后核糖体沿mRNA5’→3’方向移动一个密码子距离,A位上的延长一个氨基酸单位的肽酰-tRNA转移到P位,全部过程需延伸因子EF-Tu、EF-Ts,能量由GTP提供。 (4)肽链合成终止,当核糖体移至终止密码UAA、UAG或UGA时,终止因子RF-1、RF-2识别终止密码,并使肽酰转移酶活性转为水解作用,将P位肽酰-tRNA水解,释放肽链,合成终止。
●蛋白质合成中如何保证其翻译的正确性?
(1)氨基酸与tRNA的专一结合,保证了tRNA携带正确的氨基酸; (2)携带氨基酸的tRNA对mRNA的识别,mRNA上的密码子与tRNA上的反密码子的相互识别,保证了遗传信息准确无误地转译3)起始因子及延长因子的作用,起始因子保证了只有起始氨酰-tRNA能进入核糖体P位与起始密码子结合,延伸因子的高度专一性,保证了起始tRNA携带的fMet不进入肽链内部; (4)核糖体三位点模型的E位与A位的相互影响,可以防止不正确的氨酰-tRNA进入A位,从而提高翻译的正确性; (5)校正作用:氨酰-tRNA合成酶和tRNA的校正作用;对占据核糖体A位的氨酰-tRNA的校对;变异校对即基因内校对与基因间校对等多种校正作用可以保证翻译的正确。
●原核细胞和真核细胞在合成蛋白质的起始过程有什么区别1)起始因子不同:原核为IF-1,IF-2,IF-2,真核起始因子达十几种 (2)起始氨酰-tRNA不同:原核为fMet-tRNAf,真核Met-tRNAi (3)核糖体不同:原核为70S核粒体,可分为30S和50S两种亚基,真核为80S核糖体,分40S和60S两种亚基
●蛋白质合成后的加工修饰有哪些内容?
提示:(1)水解修饰;(2)肽键中氨基酸残基侧链的修饰;(3)二硫键的形成;(4)辅基的连接及亚基的聚合。
●真核细胞与原核细胞核糖体组成有什么不同?如何证明核糖体是蛋白质的合成场所?
原核细胞:70S核糖体由30S和50S两个亚基组成;真核细胞:80S核糖体由40S和60S两个亚基组成。利用放射性同位素标记法,通过核糖体的分离证明之。
●色氨酸操纵子的机制?◆阻遏蛋白的负:受其上游蛋白R基因的。R并没有与O结合的活性,只有当环境能提供足够浓度的色氨酸时,R与色氨酸结合后而活化,能够与O结合,阻遏结构基因的转录◆弱化子及其作用:当色氨酸达到一定浓度,但还没有高到能够活化R使其起阻遏作用的程度时,产生色氨酸合成酶类的量已经明显降低,而且产生的酶量与色氨酸浓度呈负相关。这种现象与色氨酸操纵子特殊的结构有关。
●试比较转录与复制的区别。
提示: ①目的不同,所使用的酶、原料及其它辅助因子不同,转录是合成RNA,复制是合成DNA;②方式不同:转录是不对称的,只在双链DNA的一条链上进行,只以DNA的一条链为模板,复制为半不连续的,分别以DNA的两条链为模板,在DNA的两条链上进行③复制需要引物,转录不需要引物④复制过程存在校正机制,转录过程则没有⑤转录产物需要加工,复制产物不需要加工⑥复制与转录都经历起始、延长、终止阶段,都以DNA为模板,新链按碱基互补原则,5'→3’方向合成。
●简述原核生物转录作用的过程。结合(binding) : σ与RNA pol结合,大大降低了后者与DNA链的非特异性结合,而到了正确的promoter处,其亲和力提高了100倍;解旋(unwinding): RNA pol将使约17bp的DNA解螺旋,形成一个open complex ;起始(initiation): RNA pol合成8-10个nt ,σ因子被释放;延长(elongation): 形成一个转录泡,开始延长;终止(termination): (1) 不依赖于ρ蛋白的terminator形成一个大发夹,在新合成RNA中其后有一段寡聚U,导致转录终止,RNA pol被释放;(2)依赖于ρ蛋白的terminator也形成一个发夹,但由于没有长段U,所以需要ρ蛋白帮助,终止RNA合成。
●简述乳糖操纵子的正负机制包括正负两种阻遏蛋白的负①当细胞内有诱导物时,诱导物结合阻遏蛋白,此刻聚合酶与启动子形成开放式启动子复合物转录乳糖操纵子结构基因。②当无诱导物时,阻遏蛋白结合与启动子与蛋白质部分重叠不转录。CAP正①当细胞内缺少葡萄糖时ATP→CAMP结合,CRP生成CAP与CAP位点结合,增前RNA聚合酶转录活性。②当有葡萄糖存在时CAMP分解多合成少,CAP不与启动子上的CAP位点结合RNA聚合酶不与操纵区结合无法起始转录结构基因表达下降。
●蓝白斑筛选蓝白斑筛选是重组子筛选的一种方法,是根据载体的遗传特征筛选重组子,如α-互补、抗生素基因等。现在使用的许多载体都带有一个大肠杆菌的DNA的短区段,其中有β-半乳糖苷酶基因(lacZ)的序列和前146个氨基酸的编码信息。在这个编码区中插入了一个多克隆位点(MCS),它并不破坏读框,但可使少数几个氨基酸插入到β-半乳糖苷酶的氨基端而不影响功能,这种载体适用于可编码β-半乳糖苷酶C端部分序列的宿主细胞。因此,宿主和质粒编码的片段虽都没有酶活性,但它们同时存在时,可形成具有酶学活性的蛋白质。这样,lacZ基因在缺少近操纵基因区段的宿主细胞与带有完整近操纵基因区段的质粒之间实现了互补,称为α-互补。由α-互补而产生的LacZ+细菌在诱导剂IPTG的作用下,在生色底物X-Gal存在时产生蓝色菌落,因而易于识别。然而,当外源DNA插入到质粒的多克隆位点后,几乎不可避免地导致无α-互补能力的氨基端片段,使得带有重组质粒的细菌形成白色菌落。这种重组子的筛选,又称为蓝白斑筛选。如用蓝白斑筛选则经连接产物转化的钙化菌平板37℃温箱倒置培养12-16hr后,有重组质粒的细菌形成白色菌落。
●氨基酸及功能蛋白质合成后的修饰1.蛋白质刚刚被合成时,都以fMet(原核)或Met(真核)开始,多肽合成后,N端的formyl group、Met残基,有时还包括N揣多个残基或C端的残基都会被切除。50%的真核蛋白中,N-端残基的氨基酸会被N-乙基化。2.切除信号肽。许多蛋白质都带有15-30个残基的signal peptides,负责指导蛋白质在细胞中的精确定位。3.特定氨基酸的修饰。4.氨基酸的糖苷化5.氨基酸的异戊烯化(Addition of Isoprenyl Groups)6.有些蛋白质还要与辅基(prosthetic groups)相结合; Cytochrome C只有与血红素(heme)相结合才有功能。此外,Acetyl-CoA羧化酶常与Biotin分子相结合。有些蛋白质必须经蛋白酶切割后才有功能。有些蛋白质只有在形成二硫键之后才有功能。
●基因表达主要表现在以下几个方面:① 转录水平上的(transcriptional regulation);
② mRNA加工成熟水平上的(differen, tial processing of RNA transcript);③ 翻译水平上的(differential translation of mRNA).原核生物中,营养状况(nutritionalstatus)和环境因素(environmental factor)对基因表达起着举足轻重的影响。在真核生物尤其是高等真核生物中,激素水平(hormone level)和发育阶段(developmental stage)是基因表达的最主要手段,营养和环境因素的影响力大为下降。
(其他重点自己总结)