1.培养目标不同
学硕是以培养科研人才为主，职业目标为大学教师和科研机构研究人员，侧重理论教育。学生毕业后可获取学历、学位双证，社会认可度比较高。和专硕相比，学术型研究生理论知识充足，但实践和应用能力欠缺，动手能力相对较弱。
专硕侧重理论研究和实践应用，最突出的特点是学术性和职业性相结合。主要培养在某个专业或某一行业领域具有坚实的专业理论基础，同时具有解决问题的实际能力且具有职业素养的高层次应用型人才。一般获得专硕学位的人往往从事比如工程师、会计、律师这一类以实践为导向的工作。
2.培养方式不同
学硕侧重基础理论学习，学制为3年。专硕以实际应用为导向，以职业需求为目标，教学内容强调理论性与应用的有机结合。此外，专硕突出案例分析和实践研究，注重培养学生研究实际问题的意识和能力，学习过程中至少有半年时间的实践环节，学制为2年。
3.招考条件不同
除了工商管理等专业之外， 大多数学硕对报考者没有工作经验要求，这就意味着无论是应届生还是往届生都可以报考。而专硕个别专业如公共管理硕士（MPA）等要求考生必须具备相关工作经验。另外，对于跨专业，医学类专业无论是学硕还是专硕一般不允许。
4.学费差异
一般而言，学硕专业一年的学费为8000—10000元。专硕学费较高，一般为8000——15000元。但是，学硕基本都是三年制，专硕只有两年，因此，学费总额相差不大。最关键的是，专硕提前一年毕业，这样不仅少花钱反而早早开始挣钱。两者的时间和机会成本相差还是比较大的。
5、难易程度不同
这一点表现最明显的就是英语一和英语二的差别。仅仅从考试大纲上看，英语一比英语二的考查点多出好几个。整体难度上，前者自然比后者大一些。因此，有些高校特别是名校的专硕专业不考英语二而是考英语一。对英语的要求还是蛮高的。
此外，还有就是数学三与管理类联考中的数学部分整体难度有较大才差别。下面就以会计专业为例。会计学硕要考数学三，考试内容包括高数、线代和概率论，难度比较大。会计专硕的管理类联考数学部分考试内容全都是初高中数学知识，相对比较简单。
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